Когда началась война, ему было 27 лет. Принял первый бой под городом Химки. Участвовал в боях под Ленинградом, Сталинградом, на Белорусском фронте, освобождал Польшу, брал Берлин. Не раз А. Е. Филипенко за отличные боевые действия были объявлены благодарности. После окончания войны ему было присвоено звание младшего сержанта. В 1942 году при уничтожении группировки Паульса его контузило. Александр Егорович награжден орденом Красной звезды, медалями «За освобождение Варшавы», «За победу над Германией», «За оборону Москвы» и другие.