Началась война в июне, а дедушку  в апреле, взяли в кадровый состав Красной Армии.  На второй день войны принял  боевое крещение. Начались упорные бои с немецкими войсками в районе Латвии, Эстонии, Пскова. Немцам удалось занять Псков, окружить часть, где воевал дед. Кругом болота, взрывы бомб…  из окружения выходили ночами, утопая в трясине, сутками сидели по пояс в грязи. Выбирались лесами в сторону Ленинграда. Однажды наткнулись на деревню, в которой засели немцы. У наших было три танка, три машины, пулеметы. Затаились, а в четыре утра, благодаря внезапному нападению, захватили деревню, часть немецких солдат, оружие. Вышли из окружения, но ненадолго. Вскоре их опять обстреляли немцы. И только 16 июля окончательно оторвались от врага. В этих первых боях дед был тяжело ранен в ногу, его везли на повозке, и командир подходил к нему  и подбадривал: «Терпи, боец!». Начались странствия по госпиталям: Новгород, Кинешма, Термез. Перенес три операции – удалили все осколки. Какое-то время служил в 380-м запасном полку, окончив полковую школу, обучал солдат военному делу. В 1943 году, после Ташкентского военно-пехотного училища, был назначен командиром взвода. В 1944-м получил назначение на1-й Белорусский фронт в 8-ю Гвардейскую армию. Дед любил рассказывать о взятии Зееловских высот – это было во фронтовой жизни деда особенно большое событие. "Мы всегда видим, будто сами там воевали, как была освещена та гора, какая там была непогода, какой  сложный рельеф местности… Ручьи, глинистые овраги, дорога такая узкая, по которой они пробирались с техникой, срываясь  в обрывы…   Это была ночь,  когда Жуков дал команду  светить немцам в глаза, слепить их светом. Когда все было освещено, они пошли на немцев и взяли высоты!".  Дедушка всегда удивлялся: почему остался жив? В бой  шёл всегда впереди, как и полагалось командиру, столько раз был на волосок от смерти, перенес пять ранений, но всё ж таки судьба его уберегла.  Форсировал реки Буг (где вновь получил ранение), Вислу, участвовал в боях за освобождение Европы. За проявленное мужество, героизм и отвагу был награждён орденом Красной  Звезды. Летом, когда 8-я Гвардейская вышла на главное направление, Жернаков был назначен командиром разведроты, и в его задачу входило добывать данные о вражеских войсках, знать всё не только о противнике, который сидит в траншеях, но и о том, что делается в глубоком тылу врага. Дедушка часто вспоминал такой случай: «На нас напала немецкая разведка с целью взять «языка». Мы не растерялись, побили немцев, а часть захватили в плен".  Деду попался здоровенный рыжий немец, но и у деда было достаточно сил, чтобы скрутить фашиста. Потом оказалось: немец только что вернулся на фронт из отпуска и, разгуливая по улицам Берлина, никак не думал попасть в руки русского офицера. И снова ожесточённые бои за реку Одер. И ещё два ранения. 16 апреля 1945 года часть, в которой воевал гвардии старший лейтенант Жернаков И.Т., была на подступах к Берлину. Дедушка участвовал в штурме. Уличные бои были страшные. Многие здания минировались отступающими  фашистами, закладывались фугасы, поэтому разведке приходилось осматривать каждую подворотню, подвалы, балконы, окна первых этажей, из которых обстреливали наших солдат. Была дана команда действовать с осторожностью и осмотрительно. «Но настроение, - говорил дедушка, - было бодрое: захвачен Берлин, выиграна кровопролитная война!». Боевой путь деда Исая отмечен высокими наградами: орденами Красной Звезды, Отечественной войны 1-й и 2-й степеней, медалями «За освобождение Варшавы», «За взятие Берлина», «За победу над Германией». Однако в родные места Исай Тихонович  пришёл лишь в сентябре 1946 году.